通常在大樣本資料當中清除掉一部分的不符合邏輯或者缺失的資料樣本，而一般小樣本的資料眼動測試研究員反而比較容易忽視或者不重視。但是，並不是所有的眼動資料都可以進行分析的，因為每個網頁設計的案例都不同，以及資料品質也有問題。最常見的資料品質問題是由於個體差異導致的，比如測試的時候眼睛位置的偏差，攝像頭沒有很好的記錄眼動資料，個人的原因導致看了很長的時間等等的情況。還有個別使用者不正常的眼動資料，或者是眼動資料取樣速率比較低。這樣的眼動資料並不太需要分析。

再者，僅僅是從一份資料來進行分析是很難發現原因的。也許是因為用戶的眼球運動沒有被捕捉到，也許只是用戶的個人習慣，還有可能是用戶在測試的時候忘記了當時的任務。可能性非常的多，要切實充分的考慮到。